動物、植物、微生物いずれも解析可能です。
実験事例が少ない種の場合、モデル生物など実験事例の豊富な種の情報をもとにした情報提供も可能です。
公共データベース上にアップロードされた実験データ(RNA-Seqデータ)を収集し、実験条件をオントロジーを付与することにより、全実験データをメタデータ化しています。オントロジーは、Plant Ontology (PO:植物の部位を表す)、Plant Experimental Conditions Ontology(PECO:実験処理を表す)を併用しているため、各RNA-Seqデータの詳細な分類・検索・抽出を可能としています。この大規模RNA-Seqデータのメタデータ利用により、どの遺伝子がどの条件で高発現しているかなどを正確かつ迅速に把握できます。
また、メタデータを利用することにより、目的の実験条件のRNA-Seqデータのみを抽出し、その実験条件でのゲノムワイドな遺伝子の発現情報を取得できます。各遺伝子にアノテーション(機能、GO、代謝、転写因子など)を付与することで、遺伝子探索を高効率化・高精度化・高速化・低コスト化できます。
ある遺伝子や形態・表現型についてどのような報告事例があるかを調べるために論文検索・調査・読解は、極めて有効な手段です。しかし、現在の対象の雑誌・論文と多様な研究分野のすべての論文を読解することは困難です。
膨大な文章の中から必要な情報を拾い出すのに適した手法として、弊社はAIを活用した論文からの情報抽出をご提案します。
弊社は、論文読解を計算機処理するAIテキストマイニング技術を開発しており、たとえば、遺伝子の機能に関する記述を膨大な論文から抜き出し、Relationshipと呼ばれる分かりやすい形式(例:*****)の一覧表に取りまとめて提供できます。この遺伝子情報には、原著論文の関連Webページへのハイパーリンクが埋め込まれていることから、原著論文の確認も迅速に実施できます。
遺伝子-化合物ネットワークの構築により、遺伝子群の機能を俯瞰できます。 AIテキストマイニングや弊社が保有する転写因子予測技術を活用することにより、 作用する遺伝子・化合物の関係性(結合、発現誘導、代謝など)を網羅的なネットワーク図により表現できます。ネットワーク情報は、マウス操作で描画を自在に編集・変更できるファイルとして提供されるため、遺伝子機能をより簡便に理解可能となります。
多種の種間ホモログを同定していることから、たとえば、研究対象の種の遺伝子情報だけではなく、異種のホモログに付与されている遺伝子情報も統合し、提供できます。そのため、研究事例の少ない種が研究対象であっても、多数の種のホモログ情報を統合・提供することができ、ユーザーの研究開発を加速化します。
バイオインフォマティクス解析について相談・解析を安価にて承ります。
バイオインフォマティクスの専門知識が無く、どこから手を付けて良いか分からない、どんな解析手法が妥当なのか分からないといったお悩みを解決いたします。
研究立案・推進時などの解析方針についてアイディア提供・スキル提供、単発型の情報解析、研究室内でのバイオインフォマティクス解析基盤の導入支援・人材育成、顧問(月間~年間など)依頼など、バイオインフォマティクスに関わるあらゆるご要望について研究推進を支援いたします。
納品は、解析結果などを電子ファイルとしてオンラインで提供いたします。
お支払いは、銀行振り込みとなります。